Școala Doctorală de Teologie a fost înființată în anul 1996, potrivit legislației în vigoare la acel moment, cu doi îndrumători, Pr. prof. univ. dr. Dumitru ABRUDAN (Vechiul Testament) și Arhid. Prof. univ. dr. Constantin VOICU (Patrologie și literatură postpatristică), care își desfășurau activitatea didactică, în paralel, și la Facultatea de Teologie “Andrei Șaguna”, Universitatea “Lucian Blaga”, Sibiu.
Până în anul 2005, când, din cauza schimbării legislației, dar și a lipsei altor profesori conducători științifici, și-a încheiat activitatea, au susținut tezele de doctorat următorii candidați:
MIHĂIȚĂ Nifon (Nicolae), Cartea profetului Mihea. Introducere,traducere și comentariu (1998 – prin transfer), coordonator științific. Pr. prof. univ. dr. Dumitru ABRUDAN
TODEASĂ Cornel, Preocupări de hermeneutică biblică în teologia apuseană contemporană (1999- prin transfer), coordonator științific. Pr. prof. univ. dr. Dumitru ABRUDAN
DUȘE Călin, Viața duhovnicească după Sfântul Simeon Noul Teolog și integrarea lui în spiritualitatea răsăriteană (2003)
ȚEPELE Marius, Mariologia primelor trei secole. Fecioara Maria în tradiția Bisericii primare (2003), coordonator științific Arhid. Prof. univ. dr. Constantin VOICU
MUNTEANU Cristian, Ierusalim - istorie și eshatologie (2003), coordonator științific. Pr. prof. univ. dr. Dumitru ABRUDAN
CRICOVEAN Mircea, Idei dogmatice în epistolele Sfântului Vasile cel Mare (2004), coordonator științific Arhid. Prof. univ. dr. Constantin VOICU
CHIRA Ionel, Eclesiologia Sfinților Părinți Capadocieni (2004), coordonator științific Arhid. Prof. univ. dr. Constantin VOICU
POPA Viorel Cristian, Profeții oratori ai Vechiului Testament (2005), coordonator științific Pr. prof. univ. dr. Dumitru ABRUDAN

În urma demersurilor făcute de conducerea Facultății de Teologie “Episcop Dr. Vasile Coman”, în anul 2018 s-a reînființat ca Domeniul de Doctorat Teologie, în cadrul Școlii Doctorale de Filologie (OM 4154/23.07.2018) (astăzi Școala Doctorală de Științe Umaniste și Arte), cu următorii profesori titulari ai facultății care și-au obținut calitatea de conducători de doctorat în urma susținerii examenului de abilitare:
Pr. prof. univ. dr. habil. Nicu DUMITRAȘCU, specializarea Patrologie și literatură postpatristică (OM 3216/18.02.2015) - prin transfer de la Școala Doctorală de Teologie a Universității “1 Decembrie 1918”, Alba Iulia)
Pr. prof. univ. dr. habil. Dumitru MEGHEȘAN, specializarea Teologie Dogmatică (OM 4210/21.07.2017)
Pr. prof. univ. dr. habil. Marius ȚEPELE, specializarea Istorie Bisericească Universală (OM 3460/22.03.2018)
Pr. conf. univ. dr. habil. Mihai BRIE: specializarea Muzică Bisericească și Ritual (OM 6031/08.12.2016).
Pr. conf. univ. dr. habil. Miron ERDEI: specializarea Omiletică și Catehetică (OM 3873/04.06.2018)